El fondo del archivo se localizó inicialmente en las dependencias de la Fundación Juan Muñiz Zapico, siendo trasladado posteriormente al despacho de Rubén Vega, ubicado en el campus de El Milán. A medida que se iban generando nuevas fuentes se procedía a su tratamiento documental, mediante la cumplimentación de una ficha técnica en la que se especificaban las incidencias que alteraban el desarrollo de la entrevista, se elaboraba un perfil biográfico del entrevistado y se profundizaba en la sinopsis de contenido mediante el minutado de la entrevista, ofreciéndose, finalmente, una valoración general de la misma. Este esquema de tratamiento documental se utiliza actualmente. En el año 2007 se inicia el tratamiento archivístico del fondo propio del archivo y cambia su ubicación a una sala específica del referido campus, donde se procede a su instalción y se habilita un espacio para la consulta. En 2012 tiene lugar otro traslado dentro del mismo campus, donde permanece a la espera de una ubicación definitiva.

Una vez realizada la captura de la fuente, los documentos orales y audiovisuales generados por el equipo de investigadores del archivo se transfieren al depósito donde se procede a su tratamiento documental y archivístico. Por otro lado, el AFOHSA admite donaciones y cesiones en depósito de otros fondos particulares y de instituciones en virtud de diversos convenios de colaboración.